1899-1946 Die frühen Jahre
Am 4. Februar 1899 gründeten 16-jährige Schüler aus handelsbürgerlichen Kreisen den "Fußballverein Werder von 1899" als reinen Fußballverein. 1909 wurde der FV Werder Bremen erstmals Bremer Meister, ab 1913 nahm der Verein an der neu gegründeten Norddeutschen Verbandsliga teil. 1920 erfolgte die Erweiterung vom Fußball- zum Sportverein mit einer Tennis- und einer Leichtathletikabteilung und dementsprechend die Umbenennung in "Sportverein Werder Bremen von 1899". 1933 übernahm Werder vom Allgemeinen Bremer Turn- und Sportverein das Weserstadion und trug fortan hier seine Spiele aus. Werders erste überregionale Erfolge fallen in die Zeit des Nationalsozialismus: 1934 und 1937 wurde die "Gaumeisterschaft Niedersachsen" gewonnen, das Weserstadion trug in dieser Zeit den Namen "Bremer Kampfbahn". 1945 wurde der SV Werder Bremen aufgelöst und der Verein hieß nach Fusionen mit anderen Bremer Vereinen kurzzeitig TuS Werder 1945 Bremen , ein Jahr später SV Grün-Weiß 1899 Bremen, bevor der Verein ab dem 28. März 1946 wieder "SV Werder Bremen" hieß.


1946-1963 Nachkriegszeit in der Oberliga
Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde der Spielbetrieb 1946 wieder aufgenommen. 1946 gewann Werder die Bremer Stadtmeisterschaft und 1947 wurden die Bremer Niedersachsenmeister. Anschließend wurden regional unterteilte Oberligen gegründet, mit denen der Ligabetrieb in Westdeutschland wieder aufgenommen wurde. Werder Bremen gehörte von 1947 bis 1963 der Oberliga Nord an, in der eine inoffizielle norddeutsche Meisterschaft ausgespielt wurde und deren erfolgreichste Mannschaften sich für die Endrunde um die Deutsche Meisterschaft qualifizierten. Dabei stand Werder Bremen deutlich im Schatten des Hamburger SV, der die Oberliga in 15 von 16 Jahren gewann und hatte zunächst Mühe, sich gegen Lokalrivalen wie den Bremer SV oder TuS Bremerhaven 93 zu behaupten. Erst in den letzten fünf Spielzeiten der Oberliga Jahren konnte sich Werder hinter dem HSV als zweiterfolgreichste Mannschaft des Nordens etablieren und sich so für die neu gegründete Fußball-Bundesliga qualifizieren. Sportlicher Höhepunkt der Oberligazeit war der Gewinn des DFB-Pokals 1961 durch ein 2:0 im Endspiel gegen den 1. FC Kaiserslautern.
Namhafte Spielerpersönlichkeiten der Oberligazeit des SV Werder waren Torwart Dragomir Ilic, Richard Ackerschott, Willi Schröder und Pico Schütz.


1963-1971 Auf und Ab in der Bundesliga
Der SV Werder war 1963 eines der Gründungsmitglieder der Fußball-Bundesliga, wurde 1964/65 zum ersten Mal Deutscher Meister und hatte anschließend noch einige erfolgreiche Jahre (Vizemeisterschaft 1968). Doch die dauerhafte Etablierung unter den Spitzenvereinen der Bundesliga gelang nicht, da Werder erfolgreichen Jahren immer wieder durchwachsene und enttäuschende folgen ließ.
Die ersten Bundesligajahre wurden durch Spielerpersönlichkeiten wie Günter Bernard, Horst-Dieter Höttges, Sepp Piontek oder Max Lorenz mitbestimmt.


1971-1980 Niedergang
Nachdem Werder in den Jahren zuvor zunehmend im Mittelmaß versunken war, versuchte man in der Saison 1971/72 in einem Kraftakt als so genannte Millionenelf mit der finanziellen Unterstützung der Bremer Wirtschaft und der Stadt Bremen, Trikots in den Bremer Landesfarben Rot und Weiß sowie einigen angeheuerten Stars an bessere Zeiten anzuknüpfen - ohne Erfolg. Anschließend gehörte Werder Bremen dauerhaft zu den sog. Grauen Mäusen, später auch immer wieder zu den Abstiegskandidaten der Liga und stieg in der Saison 1979/80 schließlich in die 2. Bundesliga Nord ab.
Zu den wenigen herausragenden Spielerpersönlichkeiten der Jahre vor dem Abstieg gehörten Dieter Burdenski und Per Røntved.


1980-1987 Aufstieg einer Spitzenmannschaft
In der Saison 1980/81, der einzigen Zweitligasaison von Werder Bremen, gelang der direkte Wiederaufstieg unter dem heute legendären Trainer König Otto Rehhagel, der kontinuierlich eine starke Mannschaft aufbaute und zusammen mit Manager Willi Lemke dem Club zu seiner Glanzzeit in den 80er-Jahren und der ersten Hälfte der 90er Jahre führte, als man zum Hauptkonkurrenten des FC Bayern München wurde und zeitweise sogar erfolgreicher war als dieser. Zwischen 1982 und 1987 spielte Werder Bremen attraktiven Offensivfußball, erreichte auch sechs Mal hintereinander einen Platz unter den ersten fünf der Tabelle und damit einen Platz im UEFA-Pokal; allerdings blieb diese Zeit ohne Titelgewinn. Die Deutsche Meisterschaft wurde mehrfach knapp, 1982/83 und 1985/86 nur auf Grund des schlechteren Torverhältnisses verpasst, 1986 unter geradezu dramatischen und tragischen Umständen, als man im vorletzten Spiel gegen Bayern München kurz vor Spielende den Elfmeter vergab, mit dem der Meistertitel hätte sichergestellt werden können
Geprägt wurde diese Phase vor allem durch Rudi Völler, der bei Werder Bremen zum Nationalspieler und internationalen Star sowie 1983 Torschützenkönig wurde, aber auch durch Spieler wie Klaus Fichtel, Bruno Pezzey, Jonny Otten, Thomas Schaaf, Wolfgang Sidka, Benno Möhlmann, Norbert Meier, Frank Ordenewitz und Uwe Reinders.


1987-1995 Titel und Erfolge
Nachdem sich Werder in den Jahren zuvor in der Spitzengruppe der Bundesliga etabliert hatte, allerdings keine Titel gewonnen hatte, wurden die nächsten, von Rehhagels kontrollierter Offensive geprägten Jahre zu den bis dahin erfolgreichsten der Vereinsgeschichte. Zwischen 1988 und 1995 war Werder Bremen die neben Bayern München erfolgreichste Mannschaft des deutschen Fußballs: In der Saison 1987/1988 wurde man mit den bisher wenigsten Gegentoren der Bundesligageschichte (Stand 2005) schließlich zum zweiten Mal Deutscher Meister. Zwischen 1989 und 1991 wurde drei Mal hintereinander das Finale des DFB-Pokals erreicht, welcher 1991 und 1994 gewonnen wurde. 1992 gewann Werder Bremen den Europapokal der Pokalsieger und in der Saison 1992/93 erneut die Meisterschaft.
Geprägt wurde diese Ära durch Spieler wie Oliver Reck, Rune Bratseth, Uli Borowka, Dieter Eilts, Thomas Wolter, Mirko Votava, Günter Hermann, Andreas Herzog, Karl-Heinz Riedle, Frank Neubarth, Wynton Rufer, Klaus Allofs, Manfred Burgsmüller oder Marco Bode.


1995-1999 Ende einer Ära
Nachdem Werder Bremen 1995 noch einmal Vizemeister geworden war und Rehhagel nach 14-jähriger Amtszeit den Verein verlassen hatte, waren zunächst einmal auch die glorreichen Zeiten in der Bundesliga vorbei, es folgten mittelmäßige Platzierungen und mehrere Trainerwechsel (Aad de Mos, Dixie Dörner, Wolfgang Sidka). Die Saison 1998/1999 markiert den Höhepunkt dieser Entwicklung: Nach einem missratenen Saisonbeginn lag Werder Bremen ebenso am Tabellenende wie kurz vor Saisonende, nachdem unter dem neuen Trainer Felix Magath nur vorübergehend eine Besserung eingetreten war.
Das Jahr 1999 markiert nicht nur einen Tief- sondern auch einen Wendepunkt in der Geschichte Werder Bremens. Das Vereinspräsidium mit Präsident Franz Böhmert, Vizepräsident Klaus-Dieter Fischer und Schatzmeister Manfred Müller, das seit vielen Jahren amtiert hatte - Böhmert fast 30 Jahre - trat unter dem Eindruck der krisenhaften Entwicklung geschlossen zurück und machte den Weg frei für einen Neuanfang und die spätere Umgestaltung des Vereins. Auch Manager Willi Lemke beendete seine Tätigkeit bei Werder, wobei sich die gesamte Führungsmannschaft Werders anschließend in neuen Funktionen des Vereins - Aufsichtsrat oder Präsidium bzw. Geschäftsführung - wiederfand. Neuer Präsident und späterer Vorsitzender der Geschäftsführung wurde Jürgen L. Born. Zudem wurde in akuter Abstiegsgefahr erneut der Trainer gewechselt. Thomas Schaaf, ehemaliger Spieler in Werders erfolgreichster Zeit und bis dahin erfolgreicher Trainer der Amateure des Vereins, vermied nicht nur den Abstieg, sondern unter ihm gewann der Verein auch sensationell den DFB-Pokal gegen Bayern München. Mit seiner Verpflichtung sollte der Grundstein für eine erfolgreichere Ära gelegt werden.
Auch in dieser Zeit verfügte Werder über gute Spieler, die aber aufgrund der Umstände meist nicht ihr Potenzial ausschöpfen konnten. Neben langjährigen Stammspielern wie Herzog, Eilts, Votava oder Bode sowie jungen Talenten, die später eine gute Entwicklung nehmen sollten wie Frank Rost, Raphaël Wicky oder Torsten Frings sind hier z.B. Nationalspieler wie Hany Ramzy (Ägypten), Jurij Maximow (Ukraine), Mario Basler (Deutschland), Wladimir Bestchastnykh (Russland) oder Rade Bogdanovic (Jugoslawien) zu nennen.


1999-2003 Neuaufbau
Seit der Verpflichtung des Trainer/Manager-Duos Thomas Schaaf und Klaus Allofs 1999 etablierte sich der Verein wieder peu à peu unter den deutschen Spitzenteams. Im Jahr 2003 erfolgte die Ausgliederung der Lizenzspielerabteilung (Profifußball) in die Werder Bremen GmbH & Co. KGaA.

Die Jahre 1999 bis 2003 sind gekennzeichnet vom gezielten Aufbau einer spielstarken, auf Offensive ausgerichteten Mannschaft, die einen anspruchsvollen und attraktiven, auf direkten Ballstafetten basierenden Fußball spielt. Phasenweise deutete Werder das Potenzial für eine Spitzenmannschaft an, etwa durch das Erreichen des DFB-Pokalfinals 2000 oder als man im Kalenderjahr 2001 die erfolgreichste Mannschaft der Bundesliga war. Nachhaltige Erfolge blieben jedoch - mit Ausnahme einer UEFA-Cup Qualifikation 2002 - aus, war diese Phase doch zugleich gekennzeichnet von einem eklatanten Mangel an Kontinuität und Stabilität, der mehrfach, meist gegen Saisonende, dazu führte, dass Werder Bremen nach Phasen herausragender Spiele und Ergebnisse einbrach und seine Chancen verspielte.
Geprägt war diese Zeit durch junge, vielversprechende Spieler, die allerdings häufig nicht lange zu halten waren und zu erfolgreicheren und finanzkräftigeren Clubs wechselten wie Frank Rost, Torsten Frings, Raphaël Wicky oder Claudio Pizarro. Auch wurden viele langjährige Leistungsträger aus Altersgründen verabschiedet, darunter Frank Verlaat und mit Andree Wiedener, Marco Bode, Dieter Eilts und Andreas Herzog die letzten Verbliebenen der Goldenen Ära unter Otto Rehhagel.


2003/2004 Meister und Pokalsieger
Die Saison 2002/03 war mit dem Verpassen des UEFA-Cups enttäuschend verlaufen und das neue Spieljahr hatte mit dem blamablen Ausscheiden im UI-Cup gegen den FC Pasching denkbar ungünstig begonnen. Doch entwickelte sich die Saison 2003/04 zur erfolgreichsten in der Vereinsgeschichte: Die punktuelle Ergänzung der talentierten und attraktiv spielenden Mannschaft mit erfahrenen und erfolgsorientierten Spielern wie Andreas Reinke, Ümit Davala, Valérien Ismaël und vor allem Johan Micoud führte völlig überraschend dazu, dass sich Werder von Beginn an in der Spitzengruppe der Bundesliga hielt, am 16. Spieltag die Tabellenführung übernahm, seinen Vorsprung in der Rückrunde zunächst kontinuierlich ausbaute, zwischenzeitlich bis auf 11 Punkte, 23 Spiele hintereinander nicht verlor und bis zum Saisonende die Tabellenführung nicht mehr abgab.
Mit dem historischen 3:1-Sieg beim schärfsten Verfolger FC Bayern München (Tore von Klasnic, Micoud und Ailton) sicherte sich das Team am 8. Mai 2004 bereits zwei Spieltage vor Saisonende die Deutsche Meisterschaft. Am 29. Mai gewann Werder darüberhinaus im Berliner Olympiastadion mit einem 3:2 gegen Alemannia Aachen zum fünften Mal den DFB-Pokal. Damit gewann Werder Bremen zum ersten Mal in der Vereinsgeschichte das sogenannte Double, beide nationalen Wettbewerbe in einer Saison.

Das Gerüst des erfolgreichen Teams bestand aus Andreas Reinke, Paul Stalteri, Ümit Davala, Mladen Krstajic, Valérien Ismaël, Christian Schulz, Frank Baumann, Krisztián Lisztes, Tim Borowski, Fabian Ernst, Johan Micoud, Ivan Klasnić, Ailton, Nelson Valdez und Angelos Charisteas.


Gegenwart: Etablierung als Spitzenmannschaft
In der Saison nach diesem großen Erfolg etablierte sich Werder Bremen weiter in der nationalen Spitze und erreichte in der Bundesliga den dritten Platz und im DFB-Pokal das Halbfinale. In der Champions League setzte man sich in der Vorrunde u.a. gegen den UEFA-Cup-Sieger FC Valencia durch und erreichte als Gruppenzweiter das Achtelfinale gegen Olympique Lyon.

Diese Entwicklung setzte sich in der darauffolgenden Saison fort: In der Bundesligasaison 2005/06 wurde Werder Vizemeister, qualifizierte sich damit zum dritten Mal in Folge für die Champions League und erzielte mit 70 Punkten ein herausragendes Ergebnis. Dabei zeigte Werder – vor allem in der Hinrunde der Saison – überragenden Offensiv-Fußball: Werder schoss insgesamt 79 Tore, in sieben Spielen wurden mehr als vier Tore geschossen. In der zweiten Saisonhälfte dagegen kassierte die Defensive Werders die wenigsten Gegentore aller Bundesligisten, 9 von 17 Spielen endeten ohne Gegentor und Werder gelang am letzten Spieltag ausgerechnet im Lokalderby beim direkten Konkurrenten Hamburger SV der Sprung auf Platz 2. Im DFB-Pokal schied Werder Bremen beim Außenseiter FC St. Pauli in einem wegen winterlicher Platzverhältnisse umstrittenen Viertelfinalspiel aus. In der Champions League traf Werder nach erfolgreicher Qualifikation in der Gruppenphase für das Achtelfinale auf Juventus Turin. Das Hinspiel gewann Werder Bremen mit 3:2. Das Rückspiel verlor Werder unglücklich durch ein spätes Gegentor 1:2 und schied daher auf Grund der geringeren Anzahl erzielter Auswärtstore aus.

Geprägt wurde die Saison von den Offensivspielern Werders: Miroslav Klose wurde Torschützenkönig und mit 39 Punkten Top-Scorer, der sogenannte KuK-Sturm mit Klose und Ivan Klasnić erzielte 40 Tore, mit Klose, Klasnić, Tim Borowski und Johan Micoud belegten Bremer Spieler vier der ersten zehn Plätze der Scorerliste, in der Tore und Torvorarbeiten addiert werden. Im Oktober (Klose), November (Borowski) und Dezember 2005 (Micoud) sowie im Mai 2006 (Klose) wurden Bremer Spieler zum Fußballer des Monats gewählt, Klose darüberhinaus von den Bundesliga-Kollegen zum besten Feldspieler der Saison. Positiv für die Defensive wirkte sich die Rückkehr von Torsten Frings aus.